В 20-х годах XIII века правитель Готии из рода Гаврасов восстановил крепость на горе Мангуп, которая была назван в честь покровителя династии Святого Феодора Гавраса Стратилата (+1098) – крепостью Святого Феодора. Когда на Таврику обрушились сначала сельджуки, а затем монголы центр политической жизни был перенесен на Мангуп, так как неприступная горная крепость оказалась лучшим местом для резиденции правителя области, чем неоднократно разоренные татарами старые византийские центры Херсон (на территории современного Севастополя) и Сугдея (современный Судак).

XIV век

Итальянские купцы стремились монополизировать торговлю на Черном море. Где силой, где подкупом, генуэзцы расширяли свои торговые привилегии, осуществляя экономическую и политическую экспансию на местные территории. В 1318 году они открыли свое консульство на Боспоре, построив в сердце аланского архоната крепость Черчио. В 40-х годах XIV века отняли у «гордых, алчных и несогласных между собой греческих архонтов» важный порт Симболон (ныне часть Севастополя - Балаклава). После победы над Византией в войнах 1347-48 и 1350-52 гг, генуэзское консульство было создано в Херсоне, греческим кораблям было запрещено заходить в этот город. Наконец, в 1365 году при помощи татарского темника Мамая они овладели главным византийским городом на побережье – Сугдеей.

В 1380 году представитель правящей в Феодоро династии Косьмас Гаврас вместе с другими знатными феодоритами принял участие в битве на Куликовом поле в армии Дмитрия Донского в противовес генуэзцам, которые поддержали Мамая.

XV век

Возрождение Феодоро связано с именем князя Алексея I  (1402-1434). Буквально за несколько лет ему удалось отстроить крепость на Мангупе, вернуть под свой контроль горные области Готии и собрать силы для того, чтобы бросить вызов генуэзской "Империи Газарии".